New York üzerinde güçlü bir parçalayıcı şeklinde gerçek bir tehdit çöktü. O dakika şehri almaya çalışacağız, ancak mutant ninja kaplumbağalar ile birlikte onu durdurmak zorundayız. Herhangi bir zorlukla delilik memleketi kurtarmak için bu cesur adamlar hazır. Karakterlerin her biri, birisi füze rampası vurmaya mutant birisini yok etmek için bir iksir hazırlamak zorundadır, kendi misyon ve amacı vardır, ve yakın dövüş düşmanı yenmek için birileri olacaktır. Tüm kaplumbağaların kaybedersen, şehir düşecek, sadece üç girişimleri olacak.