Komik penguenlerden oluşan bir şirket, hangisinin en hünerli ve hızlı olduğunu belirlemek için bir koşu yarışması düzenlemeye karar verdi. Penguin Run 3D oyununda siz de bu yarışmaya katılabileceksiniz. Sizden önce ekranda giden yol mesafeye görünür olacak. Karakteriniz ve diğer penguenler başlangıç çizgisinde duracak. Güneşten gelen bir sinyalle, yavaş yavaş hızlanarak ileriye doğru koşacaklar. Ekrana dikkatlice bakın. Pengueninizi ustaca yöneterek çeşitli engellerin etrafından dolaşmasını ve en önemlisi rakiplerini geçmesini sağlamalısınız. Yola saçılmış çeşitli nesneler bu konuda ona yardımcı olabilir. Bunları toplayarak karakteriniz çeşitli bonus güçlendirmeler elde edebilir.