Uzak harika bir dünyada, Pokemon gibi yaratıklar yaşar. Doğa ruhlarına tapan gruplara ayrılırlar. Bir zamanlar Ateş ve Su ruhlarına tapanlar bir ritüel gerçekleştirdiler ve bu ilahi varlıkları bu dünyaya çağırdılar. Ama çok kötü ruhlar oldukları ortaya çıktı ve kontrolden çıktılar. Şimdi tüm gezegen kaos içinde ve sürekli olarak doğal afetler meydana geliyor. Pokemon Emerald Version oyununda siz onlarla savaşmanız gerekecek. Önünüzde ekranda karakterlerinizin yer alacağı belirli bir alan göreceksiniz. Örneğin Ateşin ruhuna saldıracaklar. Eylemlerini özel bir kontrol paneli kullanarak yönlendireceksiniz. Onun yardımıyla, Pokémon'unuzu rakibine zarar verecekleri çeşitli büyüleri uygulamaya zorlayacaksınız.
