Ülkeniz ile komşu devlet arasında bir savaş çıktı. Atari Füze Komutanlığı oyununda, hizmet verdiğiniz askeri üssün savunmasına komuta edeceksiniz. Önünüzde ekranda üssünüzün binalarını ve her yere kurulu roket silahlarını göreceksiniz. Düşman, üssünüze gökyüzünde görüneceğiniz bir yığın roket fırlattı. Hepsini vurmanız ve üssün topraklarına düşmelerini engellemeniz gerekecek. Bunu yapmak için fareyi kullanarak, mavi haçların yardımıyla kurulumlarınız için görüş açacaksınız. Hazır olunca ateş açın. Görüşünüz doğruysa, düşman füzelerini vuracak ve bunun için puan alacaksınız. Bunlardan belirli sayıda biriktirdikten sonra, teçhizatlarınızı ve cephanenizi onlar için yükseltirsiniz.