Kyoto adında cesur bir samuray piksel dünyasında yaşıyor. Bugün kahramanımız ülkesinin uzak bölgelerine seyahat etmeli ve orada çeşitli suçlularla savaşmalıdır. Pixel Samurai oyununda siz ona bu konuda yardımcı olacaksınız. Samurayınız, belirli bir bölgede bulunan önünüzdeki ekranda görünecektir. Kontrol tuşlarını kullanarak onu ileriye doğru koşturacaksınız. Ekrana dikkatlice bakın. Kahramanınızın yolunda zeminde çeşitli engeller ve delikler görünecektir. Karakteriniz bu tehlikeli alandan belli bir mesafedeyken onu zıplatmanız gerekecek. Böylece kahramanınız bu tehlikenin üzerinden havada uçarak yoluna devam edebilecektir.
