Pandemic 2 oyununun ikinci bölümünde ölümcül bir salgın olarak tüm insanlığı yok etme görevinize devam edeceksiniz. Oyun, hastalığın türünü seçmenizle başlar: virüs, bakteri veya parazit. Daha sonra enfeksiyonunuz için bir başlangıç noktası seçeceksiniz. Oradan hastalığınızı dünyanın geri kalanına yaymanız gerekecek. Dünya geneline yayılarak hastalığınızı iyileştirebilir ve insanların bundan muzdarip olmamasını sağlayabilirsiniz. Virüsünüzü sürekli değiştirin ki insanlık ona bir çare bulamasın. Yani yavaş yavaş Pandemic 2 oyununda gezegenin tüm nüfusunu yok edeceksiniz.
