Her türlü faaliyet profesyonellik gerektirir ancak bazı mesleklerde belirli ahlaki yönlerin de gözetilmesi gerekir ve bu, özellikle insanlara zarar verebilecek çeşitli bilimsel gelişmeler için geçerlidir. Secret Lab Chronicles oyununun kahramanı Profesör Benjamin, özel bir laboratuvarda bazı gizli deneyler üzerinde çalışmak üzere cazip bir teklif aldı. Kabul etmeye karar verdi, ancak çalışmaya başladığında, deneylerin başarılı olması durumunda insanlığın, mevcut silahların hiçbiriyle karşılaştırılamayacak bir silahın ortaya çıkması tehdidiyle karşı karşıya kalacağını fark etti. Kahraman, laboratuvarın yaratılması ve işletilmesinin arkasında olan herkesi ifşa etmek istiyor ancak kanıta ihtiyacı var ve onu Secret Lab Chronicles'da toplamalısınız.