Ninja kaplumbağaları bir sonraki görevlerinden döndüler ve öğretmenleri Splinter'in kayıp olduğunu gördüler. Bir kaplumbağa takımı çok sayıda kötü planın önüne geçmişti ve görünmez düşman, duygularını kaçırarak intikam almaya karar verdi. Mutantlarla ilk savaşa giren karakteri seçin. Katan kavgalarının ustası Leonardo, takım lideri Raphael ustaca Sayes'i idare ediyor, Donethello özel bir personel kullanıyor ve Michelangelo nunchaku'yu tercih ediyor. Nisan ayında yardım edecekler, ustalıkla yeşil bir beyzbol sihirli yarasası var.
