Paralel bir dünyadan gelen uzaylılar, piksel dünyasındaki gezegenlerden birini istila etti. Havada bulunan portaldan görünürler ve savaş oluşumlarını oluşturmaya başlarlar. Gezegenin hava kuvvetleri alarma geçti. Oyunda Pixel War, savaş pilotu olarak görev yapacak. Düşmanla tanışmak ve savaşa katılmak için geminize uçmalısınız. Ustaca gemide manevra yaparken, silahlarınızdan ateş açacak ve tüm rakipleri yok edeceksiniz. Onları ne kadar çok öldürürsen, o kadar çok puan kazanırsın.