Uzayda yolculuk yaparken, astronot Jack büyük bir sürüklenen üs keşfetti. Kahramanımız onu etkileyip keşfetmeye karar verdi. Ama önce iniş pisti bulması gerekecek. Oyunda Endless Space Pilot size bu konuda yardımcı olacaktır. Uzay geminize belirli bir rota boyunca uçacaksınız. Yolda engeller ve çeşitli tuzaklar karşılaşacaktır. Geminizde akıllıca manevra yapıyorsunuz, etraflarında uçmak zorunda kalacaksınız. Unutma ki engelli çarpışmalar gemiye zarar verir ve kahramanın ölür.