Ben 10, toprakları iftira etmek isteyen başka bir uzaylı partisinin gelişine yabancı değil. Fakat Ben 10 Omnitrix Shadow'da bu kez işler çok daha ciddi hale geldi. Yabancılar kara zırhlı bir şövalye tarafından yönetildi, Ben'e karanlık bir enerji bulaştıran bir enerji akışı başlattı. Sonra davetsiz misafir çabucak ayrıldı. Kahramana karanlık bir virüs yerleşti ve zamanla onu omnitrix'teki herkes gibi kötü bir canavara çevirecek. Durumu düzeltmek ve virüsten kurtulmak için üç kötüyü bulmanız ve onları yok etmeniz gerekiyor. Karakterin yeniden kendisi olmasına yardım et ve dönüşümü engelle.
