Deli profesör Thomas bir kez daha gizli laboratuvarında deneyler yapıyor. Farklı kimyasalları karıştırmak için başarısız bir girişim patlamaya neden oldu ve havada zehirli gazla dolu toplar ortaya çıktı. Yavaş yavaş odayı dolduruyorlar. Oyunda Profesör Bubble Shooter, bilim insanının onlardan kurtulmasına yardımcı olmak zorunda kalacak. Bunun için kahramanımız tek bir suçlamayı ateşleyecek özel bir top kullanacak. Aynı renkteki baloncuk kümelerini bulmanız ve aralarında aynı renkteki bir yükü serbest bırakmanız gerekecektir. Böylece, onları yok edecek ve puan alacaksınız.