Marvel evreninden süper kahramanların bir canavar ordusuna karşı tek başına dışarı çıkması iyi bir gelenek haline geldi. Batman Commander'da Batman'in uzaydan gelen canavarların saldırılarını püskürtmesine yardım edeceksiniz. Muhteşem goblinlere benzeyen çok tatsız yaratıklar hem havadan hem de yerden saldıracaklar. Kolay bir hedef haline gelmemek için kahraman sürekli hareket halinde olacak, yani kaçacak. Koşarken, yukarı doğru hareket eden veya yukarıdan saldıran düşmanlara ateş etmeniz gerekiyor. El becerisi ve el becerisi sizden istenir. Görev, maksimum puan sayısını elde etmektir. Kahramanın üç canı var, sayıları sol üst köşeye yansıyor. Bir düşmanla karşı karşıya kalındığında Batman Komutan'da bir can kaybolur.