Zamanla her şey değişti ve Mario'nun dünyası da değişti. Daha önce tüm düşmanlar biliniyorsa ve çok fazla değilse, şimdi gizli ve daha tehlikeli hale geldiler. Super Mario Vs Mafia'da cesur tesisatçımız büyük bir mafya grubuyla yüzleşmek zorunda kalacak. Dışarıdan, bunlar siyah takım elbiseli sağlam adamlar, ama aslında onlar gerçek haydutlar, üstelik zalim ve acımasızlar. Kahramanın tüm suçlularla başa çıkmasına yardım edin. Muhtemelen ilk kez kahramanın elinde güçlü bir küçük silah silahı göreceksiniz. Her seviyedeki cephane stoğu duruma göre değişecek, ancak her zaman gereğinden az olacaktır. Bu nedenle, her atış hedefe ulaşmak zorundadır. Super Mario Vs Mafia'da bir mermi ile kahraman, aynı şeritteyseler veya bir sekme yardımıyla aynı anda birkaç haydut yok edebilir.
