Galaksi boyunca seyahat eden Tom adlı bir araştırmacı, sürekli olarak çeşitli antik eserlerle karşılaşır. Kahramanınızın onlara ulaşması için çeşitli bulmacaları çözmesi gerekiyor. Puzzle Galaxies oyununda siz ona bu konuda yardımcı olacaksınız. Karşınıza çıkan ekranda küplerden oluşan bir tasarım göreceksiniz. Her biri içeride eşit sayıda kare bölgeye bölünecektir. Her bölgede belirli bir renkte bir top göreceksiniz. Kontrol tuşlarını kullanarak küpleri uzayda kendi ekseni etrafında döndüreceksiniz. Göreviniz, bu öğeleri, tüm toplar belirli bir sırayla düzenlenecek şekilde ayarlamaktır. Bunu yaptığınız anda Puzzle Galaxies oyununda size belirli sayıda puan verilecek ve oyunun bir sonraki bölümüne geçeceksiniz.