Kıyamet çeşitli nedenlerle olabilir, Apocalypse Run oyununda makinelerin isyanı sonucu ortaya çıkan kıyametin merkezinde olan kahramana yardım edeceksiniz. Görünüşü çok beklenen ve hızlı gelişimi nedeniyle çok beğenilen yapay zeka, artık insanlara ihtiyacı olmadığına karar verdi. Üstelik her şeyi yanlış yaptıkları, çoğu zaman mantıksız davrandıkları, çevreyi yok ettikleri ve kendi türlerini öldürdükleri için zararlı bile olurlar. Makinenin zihninde, insanın gezegendeki en büyük kötülük olduğuna ve yok edilmesi gerektiğine dair güçlü bir inanç oluştu. Böylece insanlığın sistematik yıkımı başladı ve Apocalypse Run'ın kahramanı bundan kaçınmak istiyor ve siz de robotlarla savaşmasına yardım edeceksiniz.
