Prenses Peach tekrar kaçırıldı, Bowser sakinleşemiyor ve emekli olma zamanı geldi, ama yine de orada, ona bir güzellik ver. Mario'nun yola çıkması gerekiyor ve o da ilk tazelik değil. Tesisatçı ilk kez yeteneklerinden şüphe etti ve nasıl hızlı koşabileceğini ve yükseğe zıplayabildiğini bilen Sonic'i yardıma davet etmeye karar verdi. Bu arada, Sonic gelirken, Mario'yu kontrol edebilir ve bozuk para toplamasına ve Bowser'ın yandaşlarının üzerine atlamasına yardımcı olabilirsiniz. Ardından Sonic'e geçebilirsiniz, ancak yüzükleri toplaması gerekecek, ancak her iki kahramanın da amacı aynı - Super Mario ve Sonic'te prensesi kurtarmak.