Matrix'te birkaç prototip oluşturuldu ve bunlardan biri, 09435 numaralı, en başarılı oldu. Bu, hızla inanılmaz bir şekilde gelişmeye başlayan ve kısa sürede dış dünyayı keşfetmek isteyen dijital bir çocuk. Matrix'ten ayrılmanın bir yolunu buldu ve Prototip Guy'a doğru yola çıktı. Yaratıcılar adama müdahale etmemeye karar verdiler, sizden engelleri aşarak uyum sağlamasına yardım etmenizi istiyorlar. Keskin sivri uçların ve kare robotların üzerinden atlamak gerekiyor. Bu arada, robotlar doğrudan üstlerine atlayarak yok edilebilir. Engel aşılmazsa Prototype Guy'da kahraman baştan başlayacak.
