Mantar krallığı Mario için çok küçük hale geldi ve o, pek de dost canlısı görünmeyen diğer dünyaları keşfetmeye gitti. Ancak efsanevi tesisatçı yabancı değil çünkü kendi dünyasında bile sürekli olarak Bowser'ın yardakçılarıyla savaşmak zorunda kalıyor. Ancak yabancı bir dünyada Super Mario Stacks oyunu daha da zor olacak ve orada çok fazla düşman olduğu için değil, tam tersine orada olmayabilir. Ancak dünyayı dolaşmak kolay değil. Sonuçta havada ayrı ayrı yüzen kare platformlardan oluşuyor. Bir sonraki kareye atlayan kahraman geri dönüş yolunu kapatır çünkü önceki kare kaybolur. Ayrıca hızlı hareket etmeniz gerekiyor çünkü Super Mario Stacks'te bir sonraki de kaybolabiliyor.
