Uçan balıklar denilen balıklar vardır ama kuşlar gibi göklerde uçmazlar, sudan ancak kısa bir süreliğine sıçrayabilirler. Flappy Fish oyununun kahramanı, kendini zor durumda bulan sıradan bir palyaço balığıdır. Maden arama yöntemini değiştirmeye karar verdi çünkü daha önce yaşadığı yer çok daha kötü hale gelmişti. Su tıkanıyor, su altı bitkileri gelişmiyor, her şey ölüyor ve yiyecek bulmak giderek zorlaşıyor. Bu, balıkları daha iyi bir yaşam aramaya zorladı. Ancak yolda zincirli çapalar şeklinde korkunç engeller vardı. Zavallı şey daha önce hiç böyle bir şey görmemişti. Flappy Fish'te keskin çapaların arasından bu tarafa gitmeniz ve balıklara yardım etmeniz gerekiyor.
