Her seviyede, tamamen farklı seviyelerde birkaç kahraman karşınıza çıkacak. Bunlar oldukça sıradan erkekler veya kızlar, süper kahramanlar vb. olabilir. Persona Runner'ın başlangıcında, koşudan önce size gösterileni oluşturmanız gereken bir katılımcı göreceksiniz. Kahramanın terazideki kırmızı veya mavi rengi artıracak bir şey toplaması gerekir. Öncelikle hangi rengin baskın olması gerektiğine karar veriyorsunuz ve yalnızca onu büyüten şeyleri topluyorsunuz. Bitiş çizgisindeki seviyesi, kahramanın başının üstündeki ölçeğin yarısından fazlaysa, seviyeyi tamamlayacaksınız. Ve mütevazi koşucu, Persona Runner'da muhteşem bir kahramana dönüşecek.
