Murder Case Clue 3D oyununun kahramanı, polisiye hikayeleri seven Tom adında bir çocuktur. Sherlock Holmes ve Hercule Poirot hakkındaki tüm eserleri okumuştur ve büyüdüğünde ne olacağını çok iyi bilmektedir. Adam uzun zamandır gerçek bir suçu araştırmayı hayal ediyordu. Ama ona kim izin verecek çünkü o hâlâ genç. Ancak hayat bazen sürprizleri de beraberinde getirir. Arkadaşları çocuğu bir hafta sonunu onlarla birlikte bir kır evinde geçirmeye davet ettiğinde, bunun nasıl biteceği hakkında hiçbir fikri yoktu. Belirtilen adrese gelen ve istenilen evi bulan kahraman, onu boş buldu. Evde cinayet işlendiği için tüm arkadaşlar polise ifade vermek üzere ayrıldı. Kimse orada olmayınca çocuk olayı araştırmaya karar verdi. Kimse onu kanıt aramaktan alıkoyamayacak ve siz de Murder Case Clue 3D'de gerçeğin hızla ortaya çıkmasına yardımcı olacaksınız.
