Bombalar, Bomb Master 3D'deki sorunları çözme silahınızdır. Her seviyede çok renkli küplerden oluşan bir binayı yok etmelisiniz. Üstelik bomba sayısı kesinlikle sınırlıdır. Sol alt köşede bunlardan bir dizi göreceksiniz. Nişan alırken gri bir nokta göreceksiniz; burası bombanızın düşeceği yerdir. Ancak şok dalgasını hesaba katarsanız biraz daha büyük olacak, dolayısıyla küpler yok olacak. Blokların tamamen yok edilmesini sağlamak gerekir. Bir tane bile kaldıysa seviye kaybedilecektir, ancak onu Bomb Master 3D'de tamamlayana kadar gerektiği kadar tekrar oynayabilirsiniz.
