Eski Japonya'da, iki savaşçı kadrosu - samuray ve ninja arasında sürekli bir savaş vardı. Ninja Runner oyununda, Ninjaların emriyle savaşacaksınız. Karakteriniz, samuray parçalarının saklanabileceği tek bir ormanda keşif yapmak için siparişin başından bir emir aldı. Kahraman cesurca ormana daldı ve yol boyunca koştu. Birçok tehlike ve tuzak onu yolda bekliyor. Karakterini kontrol etmen, onu atlama ve bu tuzaklara düşmemesi gerekecek. Düşman askerlerle karşılaşırsanız, hepsini bir kılıç yardımıyla yok etmeniz gerekir. Sadece yoluna düşen çeşitli eşyaları topla.
