Eski Japonya, ninja gibi savaşları hazırladıkları özel tapınaklar vardı. Oyunda Sen Ninja Çalıştır 3d onlardan birine gitmek ve bir ninja çeşitli eğitim yoluyla gitmek yardımcı olur. Bugün, kahramanın diğer ninjalarla birlikte özel olarak inşa edilmiş bir engel parkuru boyunca koşması ve ilk önce bitiş çizgisine gelmesi gerekecek. Onun hareketlerini yöneteceksin. Birçok engelin üzerinden atlamanız, çeşitli engellere tırmanmanız ve ninjanınızın yarışmayı kazanmasına yardımcı olacak daha birçok eylem gerçekleştirmeniz gerekiyor.
