Yeni Ninja Koşu oyununda, cesur ninja savaşçısının emriye emrinden bir mesaj vermesine yardımcı olmak için Eski Japonya'ya gideceksiniz. Karakteriniz belirli bir rotada olabildiğince hızlı koşacaktır. Karakterinizi takip eden yolda çeşitli engeller ve tuzaklarla karşılaşacaksınız. Kahramanınızın zıplamasını ve tüm bu tehlikelerden uçmasını sağlamak için kontrol tuşlarınızı kullanmanız gerekecek. Düşmanlarla karşılaşırsa, atma silahlarının yardımıyla onları yok edebilecek.
