Kod adı 46 olan gizli ajanın bugün dünya çapında bir dizi görevi yerine getirmesi gerekecek. Super Spy Agent 46 oyununda siz ona bu konuda yardımcı olacaksınız. Bir görev seçerek kendinizi belli bir alanda bulacaksınız. Kontrol tuşlarını kullanarak kahramanınızın ilerlemesini sağlayabilirsiniz. Etrafınıza dikkatlice bakın. Düşmanı fark ettiğiniz anda silahınızı ona doğrultun ve onu dürbün içinde yakalayın. Hazır olduğunuzda öldürmek için ateş açın. Doğru ateş ederek düşmanları öldüreceksiniz. Bunun için size puan verilecektir. Bir düşmanın ölümünden sonra, kupalar ondan düşebilir. Bu eşyaları toplamanız gerekecek. Kahramanınızın hayatta kalmasına ve daha fazla savaş kazanmasına yardımcı olacaklar.
