Cesur bir ninja çocuğu, bugün emrinin başkanına bir rapor sunmalıdır. Kahramanımızın, içinde çeşitli canavarların bulunduğu karanlık bir ormanın üstesinden gelmesi gerekecek. Ninja Boy Ultimate Edition oyununda siz ona bu konuda yardımcı olacaksınız. Ekranda önünüzde yavaş yavaş hızlanan karakterinizi göreceksiniz, yol boyunca koşacak. Yolunda çeşitli engeller ve tuzaklar ortaya çıkacak. Karakteri akıllıca kontrol ederek, koşarken hepsinin üzerinden atlamasını sağlayabilirsiniz. Canavarlarla tanıştıktan sonra, onlara shurikenler atarak veya güvenilir kılıcınızla darbeler vurarak onları yok edebilirsiniz. Yolda her yere dağılmış çeşitli nesneleri ve madeni paraları toplayın. Aldığınız eşyalar için Ninja Boy Ultimate Edition'da puan kazanacaksınız.