Ninja bacaklarını uzatmaya ve madeni para toplamak için şehrin etrafında koşmaya karar verdi. Ninja Runner oyununda bir kahramanla tanışacak ve şehir parkurunu düzenlemesine yardım edeceksiniz. Kahraman için aşılmaz yükseklikler yoktur, adama birkaç kez tıklayabilirsiniz ve herhangi bir zirveye atlayacaktır: bir platform, bir kule ve başka bir zirve. Seviyeyi geçtikten sonra diğerine geçebilirsiniz, ancak dikkatli olun, yeni seviyelerde can kalplerini kaybetmemek için atlamanız gerekmeyen keskin sivri şeklinde ek engeller olacaktır. Gittikçe daha keskin engeller var, bu da Ninja Runner'da ninjayı hayat kaybetmekten kurtarmak için çok hızlı ve çevik olmanız gerektiği anlamına geliyor.