Keşif yaparken, ninja savaşçısı bir tuzağa düştü ve samurayı yakalamayı başardı. Kahramanımız kafesten çıkmayı başardı ve şimdi kaçması gerekecek. Ninja Escape oyununda siz bu macerada ninjaya yardım edeceksiniz. Yavaş yavaş hızlanacak ve yol boyunca koşacak olan karakteriniz önünüzdeki ekranda görünecek. Yolunda kahramanınızın hızla aşması gereken engeller ve tuzaklar olacak. Ayrıca ninja yolunda kahramanınızı yok etmek isteyen samuraylar olacak. Çeşitli fırlatma silahlarından oluşan bir cephanelik kullanarak onları düşmana atmak zorunda kalacaksınız. Ninja Escape oyununda düşmanları vurduğunuzda onları yok edecek ve bunun için belirli sayıda puan alacaksınız.