Ninja bir yürüyüşten yeni dönmüştü ve çalıştığı yerli manastırı ve ona büyük miktarda bilgi veren ve ona bedenini ve ruhunu nasıl kontrol edeceğini öğreten en sevdiği öğretmenini ziyaret etmeye karar verdi. Rahipleri umutsuzluk ve büyük bir hayal kırıklığı içinde buldu. Önceki gün, kırmızı samuraylar manastıra saldırdı ve rünlü antik taşlardan oluşan bir koleksiyonu çaldı. Bunlar yüzyıllardır manastırda saklanan kutsal taşlardır. Kahramanımız çalınan her şeyi iade edeceğine yemin etti ve hemen yolculuğuna çıktı. Ninja Run'daki kahramanın kutsal görevini yerine getirmesine yardım edin. Ninja koşacak ve siz de onun engellerin üzerinden atlamasına ve zamanla düşmanların üzerinden taş toplayarak atlamasına yardım edeceksiniz.
