Ninjalar ortaçağ Japonya'sında ortaya çıktılar ve casus, izci ve keşif sabotajcıları olarak hizmet ettiler. Koyu renk giysiler giyiyor, yüzlerini kapatıyor ve çoğunlukla geceleri sessizce hareket ederek ve kendilerine verilen görevleri tamamlayarak çalışıyorlardı. Tüm ninjalar ninjutsu sanatında ustalaştı. Ninjalar aslında Japon özel kuvvetleri gibi özel operasyonlarda kullanılan bir savaşçı türüdür. Ninja Speed Runner oyununun kahramanına da gizli bir görev verildi, bu yüzden hızlı hareket ediyor. Shuriken'ler ona doğru uçuyor ve kaçması gerekiyor ve siz de ona bu konuda yardım ederek kahramanı Ninja Speed Runner'da zıplamaya veya eğilmeye zorlayacaksınız.
