Mantar Krallığı'nda hayat, Prenses Peach'in kaçırılmasıyla bir kez daha altüst olur. Bowser sakinleşemez ve aklına prensesi kaçırmaktan başka yeni bir şey gelmez. Super Mario Flash'taki Mario bir kızı kurtarmak için bir yolculuğa çıkacak, bu onun için ilk sefer değil ve eğlenceli bir maceraya yeniden katılmak için bir nedeniniz var. Kötü mantarların ve kaplumbağaların üzerinden atlayarak Mario'ya platformlarda rehberlik edin. Tesisatçıyı Süper Mario'ya dönüştürecek büyük sihirli sinek mantarını bulun. Ayrıca platformlarda Super Mario Flash'ta kahramanı güçlendirecek ve ona güç verecek büyülü bir çiçek de bulabilirsiniz.
