Yeni Ninja vs Ninja oyununda, kutudaki insanların yaşadığı dünyaya gideceksiniz. İki ninja emri arasında bir savaş var ve bunlardan birine katılacaksınız. Karakteriniz kırmızı kutu adam. Rakibinin mavi olduğu odada olacak. Aralarında çeşitli engeller ve tuzaklar bulunacak. Tüm bu tehlikeler boyunca karakterinize rehberlik etmek ve rakibinize saldırmak zorunda kalacaksınız. Çeşitli fırlatma silahları kullanarak düşmanı yok eder ve puan kazanırsınız.
