Su veya başka herhangi bir sıvı, yerçekimi yasalarına göre, kendisi için bir çıkış yolu bulursa, küçük bir çatlak bile olsa aşağı akacaktır. Water Flow 3D'de aşağıdaki kare kapları doldurmak için serbestçe akmasına izin vermelisiniz. Kapların sayısı değişecektir, ancak bunlara yalnızca ilgili renkteki sıvıyı dökebileceğinizi unutmamalısınız. Bunu yapmak için kanatları doğru sırayla açın. Water Flow 3D'de bazen sıvıları karıştırmanız ve cam bölmeleri ağır toplarla kırmanız gerekir. Birçok seviye vardır ve görevleri belirlemede çeşitlilik gösterirler.