Uzak gelecekte, yeni keşfedilen gezegenlerde bulunan kaynaklar için büyük şirketler arasında uzayda bir savaş var. Super Zaxxon oyununda savaş pilotu olarak şirketlerden birinin tarafında bu savaşlara katılıyorsunuz. Geminizde düşman nesnelerini yok etmek için bir dizi görevi tamamlamanız gerekecek. Ekranda sizden önce saldırmanız gereken üs tarafından görüneceksiniz. Hem karadan ateşleneceksiniz hem de havada düşman gemilerinin saldırısına uğrayacaksınız. Gemide ustaca manevra yaparsanız, onu darbenin altından çıkarmak ve yanıt olarak saldırıya geçmek zorunda kalacaksınız. Silahlarınızdan isabetli bir şekilde ateş ederek düşman gemilerini vuracak ve çeşitli yer hedeflerini yok edeceksiniz.