Yüzeyi suyla kaplı olan gezegenlerden birinde, okyanusun dibinde bulunan bir uzaylı askeri üssü buldular. Aquanaut oyunundaki karakteriniz, onu delmek ve patlayıcıları yerleştirdikten sonra patlatmak zorunda kalacak. Ekranda önünüzde, üssün tesislerinden birinde elinde silahla olacak olan karakterinizi göreceksiniz. Kontrol tuşlarının yardımıyla onu ilerlemeye zorlarsınız. Etrafınıza dikkatlice bakın. Her an rakibinizi görebilirsiniz. Hızlı tepki vererek düşmanı görünürde yakalamanız ve öldürmek için ateş açmanız gerekecek. Doğru ateş ederek düşmanlarınızı yok edecek ve bunun için puan alacaksınız. Ölümden sonra, almanız gereken düşmandan kupalar düşebilir.