Kyoto adlı cesur bir ninja, yüksek bir binanın çatısına tırmanmak zorundadır. Ninja Up oyununda siz bu macerada karaktere yardımcı olacaksınız. Önünüzde, yerde duran ninjanız ekranda görünecektir. Bir sinyal üzerine karakteriniz belli bir yüksekliğe zıplamaya başlayacak. Fare ile ninjanın altına bir çizgi çizmeniz gerekecek. Çizdiğiniz anda özel bir lastik ip görünecektir. Üzerine düşen kahramanınız zıplayacak ve uçacak. Yani Ninja Up oyununda bu ipleri çekerek, kahramanın binanın çatısına tırmanmasına kademeli olarak yardımcı olacaksınız. Aynı zamanda yol boyunca oyun alanının çeşitli yerlerinde havada asılı kalacak eşyaları toplaması için ninjaya yardım etmeniz gerekecek. Oyundaki seçimleri için Ninja Up size puan verecek.