İnsanlar üzerinde araştırma ve deneyler yaptıkları gizli laboratuvarla iletişim ortadan kalktı. Project Enigma oyununda özel kuvvetler askeri olarak laboratuvara sızmanız ve orada neler olduğunu öğrenmeniz gerekecek. Tepeden tırnağa silahlanmış olan karakteriniz laboratuvar binasında hareket edecek. Bilinmeyen bir virüsün etkisi altında bilim adamlarına dönüşen canavarlar tarafından saldırıya uğrayacak. Kahramanın eylemlerini kontrol ettiğinizde onları dürbün içinde yakalamanız ve öldürmek için ateş açmanız gerekecek. Project Enigma oyununda isabetli atış yaparak tüm rakiplerinizi yok edeceksiniz ve bunun için size puanlar verilecek. Öldükten sonra, canavarlar toplamanız gereken eşyaları bırakabilir.