Ninja çocuk, öğretmenine ciddi zorluklara hazır olduğunu ve kendisine sorumlu görevler emanet edilebileceğini kanıtlamak istiyor. Ninja Boy Flying oyununda, hırsızların ve her türlü suç unsurunun yaşadığı tehlikeli bir bölgeye gizlice gitti. Kahraman, onu hızlı bir şekilde çalıştırmayı planlıyor ve geniş engelleri aşmak gerektiğinde süzülerek uçuş kullanacak. Düşmanlar size doğru koşacak ve üstlerinden atlayabilir veya keskin kenarlı çelik bir yıldız olan shuriken'i ustaca fırlatarak onları ortadan kaldırabilirsiniz. Ninja Boy Flying'de engellere hızlı tepki vermeli ve bunların üstesinden nasıl geleceğinize daha da hızlı karar vermelisiniz.
