Gone Rogue oyununda üç ninja savaşçısı yer alıyor. Shuriken'leri ustaca fırlatan Black Kuro'nun bu konuda eşi benzeri yok. Kızıl savaşçı Aka, kılıç kullanmakta o kadar iyidir ki herkesi hayrete düşürür. Ayrıca Aki'nin kılıcı büyülü yeteneklere sahiptir, düşmanı incitirse yavaşlatabilir. Yeşil ninja Midori bir taktikçidir. Düşmanın kesinlikle onlara rastlaması için farklı yerlere ustaca tuzaklar kurar. Üç savaşçı da Gone Rogue'da bir nedenle ortaya çıktı. Kahramanlar, imparatorluğun en büyük köylerinden birini soyan kötü adam Uzuri ile başa çıksınlar diye İmparator tarafından gönderildiler. Gone Rogue'daki tüm ürünleri toplamadan önce düşmanı yok etmeniz gerekiyor.
