Final Ninja oyununun kahramanı kendisini türünün son ninjası olarak görüyor. Düşman klan, kahramanın tüm akrabalarını yok etmeyi başardı ama o pes etmeyecek. Ölmesi gerekse bile tüm düşmanlarını da yanında götürmeye niyetlidir. Bu arada düşmanların sığınağını bulmanız gerekiyor ve bunu yapmak için birçok engeli aşmanız gerekecek. Hareket etmek için okları kullanın ve fare düğmesine tıklayarak shurikenleri atın. Fırlatma sırasında tuşa basılı tutarsanız Final Ninja'da atlayamayacağınız daha yüksek platformlara tutunup kendinizi yukarı çekebilirsiniz.