Ninja uzun süre çalıştı ve sonunda bilgi ve becerilerini Dark Ninja Hanjo'da kullanmanın zamanı geldi. Sensei öğrencisine bağımsız bir hayata başlamaya hazır olduğunu bildirdi ancak aynı zamanda eski öğrenciden şehri yeniden ayağa kaldırmak için çok önemli bir görevi yerine getirmesi istendi. Görev, kahramanın ne kadar hazırlıklı olduğunu gösterecek. Şehir karanlık tarafından tüketiliyor; onu kurtarmak için iblislerle veya ele geçirilmiş savaşçılarla savaşmanız gerekecek. Ninja neler yapabileceğini gösterebilecek. Öğretmenden talimatlar alın; ilk aşamada öğrencisine eşlik edecek ancak daha sonra Dark Ninja Hanjo'da kendi başınıza hareket etmeniz gerekiyor.
