Uzak gelecekte, bilim insanları nesneleri mikroskobik boyutlara indirmeyi öğrendiler. Bugün Spore Hunter oyununda, mikro dünyayı keşfetmek için pilotu özel bir uçakla göndermeye karar verdiler. Kahramanınız belli bir rota boyunca uçmak ve bu dünyayı keşfetmek zorunda kalacak. Sporlardan oluşan yaratıklar kahramanımıza saldıracak. Girilen numaralar içlerinde görünecektir. Onlar, onu yok etmek için yaratığa kaç tane vuruş yapman gerektiği anlamına geliyor. Akıllıca geminizde manevra yapmak silahınızdan vuracak ve sporları yok edecektir.
