Kuş göçü, kuşların daha sıcak bölgelere yıllık göçüdür. Sonbahar geldiğinde pek çok kuş türü soğuk kışın hayatta kalabilmek için güneye yönelir. Ördekler de bunlardan biri ve oyunda bir ördeğin zorlu bir uçuşun üstesinden gelmesine yardım edeceksiniz. Ama önce oyunda sunulan kahramanlardan bir karakter seçmeniz gerekiyor: Pam, Mac, Dan Amca, Gwen ve Dax. Bunlardan herhangi biri sizin kontrolünüze itaat edecektir. Göç Flappy Duck'ın konusu kuşunuzun sürünün gerisinde kalmasıdır. Tüm akrabaları uçup gittiğinde kanadı hasar gördü ama şimdi iyileşti ve birlikte uçmak için sürüye yetişmeyi deneyebilirsiniz. Ancak Migration Flappy Duck'ta öncelikle birçok engeli aşmanız ve hiç ara vermeden kanatlarınızı güçlü bir şekilde çırpmanız gerekecek.
