Kyoto adında cesur bir ninja savaşçısı, ülkesinin gizli bölümüne katıldı. Görevi mafyanın patronlarını ortadan kaldırmaktır. Bugün Stealth Master 3D oyununda ona çeşitli görevleri yerine getirmesi için yardım edeceksiniz. Ekranda karşınızda elinde bir silahla binanın odasında bulunan karakterinizi göreceksiniz. Silahlı muhafızlar yerde yürüyecek. Karakterinizin hareketlerini kontrol etmek için kontrol tuşlarını kullanacaksınız. Düşmana gizlice süründüğünden ve sonra kılıcıyla bıçaklandığından emin olmalısınız. Böylece düşmanı öldürecek ve bunun için puan kazanacaksınız. Göreviniz bu şekilde tüm katı korumalardan temizlemek ve patronu öldürmektir.